Die Krypta unserer Kirche gehört zu den kunsthistorischen Kostbarkeiten ersten Ranges in unserem Land. Am Anfang des 11. Jahrhunderts erbaut, bietet sie neben der St. Georgskirche auf der Reichenau den einzigen geschlossenen und ausgemalten Sakralraum, der aus ottonischer Zeit erhalten ist. Während die St. Andreaskirche im Lauf der Jahrhunderte mehrfach - besonders durch die 1766 erfolgte Barockisierung - verändert wurde, blieb die Krypta seit der Gründungszeit der Kirche (1023) unversehrt erhalten.

Die Krypta birgt eine fast komplette Ausmalung, die erst 1932 wiederentdeckt worden ist. Es handelt sich dabei um Malereien "al secco", die eine Prozession von 22 Engeln darstellt. In den drei romanischen Fensterlaibungen finden wir die Darstellung der bekannten alttestamentlichen Opfer, die seit altersher – so auch im römischen Messkanon – als Typos für das eucharistische Opfer Christi genannt werden: Abel, Abraham und Melchisedek. An der Decke sind elf gekrönte Köpfe von allegorischen Figuren aufgemalt, die wohl einem alten Tugendkatalog entstammen.

Die Krypta diente im Mittelalter der Aufbewahrung und Verehrung von Reliquien und der Feier der hl. Eucharistie. Kunstfreunde werden es nicht versäumen, neben dem Grab des hl. Bonifatius im Dom und der altehrwürdigen Michaelskirche von Fulda auch unsere Krypta zu besuchen.